Programos AIVA 9001 ATLYGINIMAI modulis  paskaičiuoja pagal numatytus įkainius kiekvienam darbuotojui už nustatytą periodą-standartiškai mėnesį, atlyginimo dydį nuo asmeninių rezultatų. Taip pat galima pažiūrėti pasirinkto padalinio, darbuotojo ar tam tikro užsakymo (projekto)  paskaičiuotą darbo užmokestį  už pasirinktą periodą.

Atlyginimas  darbuotojui skaičiuojamas toms veikloms, kurias atliko darbuotojas. Tos veiklos programoje yra sekančios:

·          Pardavimas

·          Vadovavimas

·          Klientų paieška

Kiekviena veikla skaičiuojama pagal skirtingą metodiką. Vienas darbuotojas gali atlikti vieną, dvi arba kelias veiklas. Jei atliekamos kelios veiklos, programa paskaičiuoja atlyginimo nuo išdirbio dydį kiekvienai veiklai ir sumarinį atlyginimą nuo išdirbio.

Pardavimo vadybininkams programa suskaičiuoja atlyginimą priklausomai nuo parduotų prekių antkainio, t.y. nuo skirtumo tarp prekių kainos ir savikainos (prekės čia suprantamos plačiąja prasme- prekės, gaminiai, darbai) ir procento nuo pelno kuris skiriamas darbuotojui.

Pardavimas priskiriamas darbuotojui, jei jis padarė užsakymą.

Vadovams už vadovavimą tam tikram padaliniui atlyginimas paskaičiuojamas imant tam tikrą procentą nuo priskaičiuoto vadovaujamam padaliniui darbo užmokesčio.

Taikant šią metodiką, vadovas suinteresuotas kad jo vadovaujami darbuotojai padarytų daugiau ir tuo pačiu daugiau uždirbtų. Tada ir vadovas uždirba daugiau. Jei vadovas kartu yra ir vykdytojas, tada jam papildomai priskaičiuojama ir už jo vykdymo funkcijas taip pat kaip ir kitiems darbuotojams.

Klientų paieškos vadybininkams, kurie patys neparduoda prekių ir paslaugų, o tik ieško klientų , kuriuos suradus perduoda Pardavimo vadybininkams, darbo užmokestis paskaičiuojamas nuo surastų klientų skaičiaus. Surastas klientas fiksuojamas programoje  kaip Paklausimas , kurį užregistravo Klientų paieškos vadybininkas ir perdavė Pardavimo vadybininkui, o Pardavimo vadybininkas užregistravo programoje Užsakymą.  Darbuotojų žinyne darbuotojui, vykdančiam klientų paiešką, turi būti įvestas kliento suradimo įkainis. Skirtingiems darbuotojams, kurie ieško skirtingo lygio klientų, gali būti įvesti skirtingi įkainiai.