Programos AIVA 9001 ATLYGINIMAI modulis  paskaičiuoja pagal numatytus įkainius kiekvienam darbuotojui už nustatytą periodą-standartiškai mėnesį, atlyginimo dydį nuo išdirbio. Taip pat galima pažiūrėti pasirinkto padalinio, darbuotojo ar tam tikro užsakymo paskaičiuotą darbo užmokestį nuo išdirbio už pasirinktą periodą.

Detalių pardavėjams programa suskaičiuoja atlyginimo nuo išdirbio dydį priklausomai nuo parduotų prekių antkainio, t.y. nuo skirtumo tarp prekių kainos ir savikainos  ir procento nuo pelno kuris skiriamas darbuotojui.

Užsakymų priėmėjams atlyginimas apskaičiuojams nuo užsakymų pelno, kurį progrma apskaičiuoja iš paslaugų ir prekių pardavimo kainos atimdama jų savikainą.

 Užsakymas laikomas įvykdytų, kuriam išrašyta PVM sąskaita faktūra iš kurios imama prekės savikaina ir pardavimo kaina.

Darbų vykdytojams  programa paskaičiuoja atlyginimo dydį nuo išdirbio imdama visiems įvykdytiems užsakymas darbuotojo atlikto darbo numatyta tarifą ir dauginamam iš darbo kiekio- dažniausiai iš numatyto užsakyme valandų skaičiaus. Atliktas darbas laikomas toks, kuriam išrašyta PVM sąskaita faktūra.

Darbų vykdytojų atlyginimo paskaičiavimo duomenis programa ima iš AIVA Serviso modulio, imdama tuos darbus, kuriems ataskaitinį periodą išrašytos sąskaitos faktūros.